Coronavirus : pourquoi il faut prendre le “taux d’incidence” de l’épidémie avec des pincettes

Le coronavirus “ne demande qu’à repartir. D’ailleurs, il repart”, a estimé sur franceinfo l’épidémiologiste Catherine Hill. Le ministre de la Santé, Olivier Véran a lui aussi partagé son inquiétude face à la “reprise épidémique dans certains endroits”, lundi 20 juillet sur franceinfo. Un peu plus de 200 clusters sont actifs, selon les dernières données de la direction générale de la santé. La Mayenne est notamment au centre de l’attention depuis que le taux d’incidence a dépassé le seuil d’alerte. Mais cet indicateur pourrait bien être “trompeur”, avertit Catherine Hill.

Il “illustre la dynamique de l’épidémie”

Le taux d’incidence correspond au nombre de personnes infectées sur une semaine, dans une population de 100 000 habitants. Deux seuils ont été fixés par le ministère de la Santé : le seuil de vigilance est atteint si plus de dix personnes sont infectées pour 100 000 habitants. Le seuil d’alerte se trouve à 50 personnes infectées. “Il complète le taux de fréquence d’une maladie, qui est le nombre de cas global au sein de la population, précise Emmanuel Rusch, président de la Société française de santé publique, à franceinfo. Il illustre la dynamique de l’épidémie au sein de la population, alors que le taux de fréquence montre l’importance de celle-ci.”

Comme le montre la carte ci-dessous, au 12 juillet, le taux d’incidence en Mayenne était de 52,72 nouveaux cas en sept jours pour 100 000 habitants, selon le suivi quotidien de l’épidémie du site du gouvernement. La Mayenne a été classée mercredi 15 juillet parmi les départements en situation de “vulnérabilité élevée”, comme Mayotte et la Guyane.

Il dépend du périmètre de la population testée

Taux d’incidence, taux de positivité des tests PCR, facteur de reproduction du virus, taux d’occupation des lits en réanimation par des patients atteints du Covid-19… Difficile de s’y retrouver dans les différents indicateurs retenus par le gouvernement. “Le fait qu’il y ait une pléthore d’indicateur est une preuve qu’il y a un problème, regrette Catherine Hill. Il faut être méfiant avec tous les indicateurs qui reposent sur la positivité des tests, ils sont problématiques parce qu’ils dépendent de la proportion de la population qui est testée.”

En clair, si on teste plus largement la population, les nombres de cas connus et de tests positifs augmentent, mais la proportion de tests positifs diminue. “Cette proportion est aujourd’hui très faible”, affirme-t-elle. Au début de l’épidémie en France, environ un tiers des tests étaient positifs, alors qu’aujourd’hui, nous sommes à 1%.

“Il faut faire attention avec le taux d’incidence, car plus vous allez dépister de gens, plus le nombre de cas positifs va être grand et plus ce taux va augmenter”, abonde l’épidémiologiste Martin Blachier à franceinfo. “Le taux d’incidence, défini comme le nombre de personnes testées positives rapporté au nombre d’habitants, dépend énormément du périmètre de la population testée, étaye Catherine Hill, si on ne teste que les personnes symptomatiques qui le sollicitent on va sous-estimer considérablement la vraie incidence qui est la fréquence des contaminations dans la population.”

Santé publique France ne dit pas autre chose. Face à une flambée de cas dans le Nord, l’institution assure à France 3 que “le taux d’incidence n’est lisible qu’avec d’autres indicateurs. Ici, le taux de dépistage a augmenté entre mi-juin et mi-juillet dans le Nord, passant de 374 dépistages pour 100 000 habitants à 605 la semaine dernière. Il est donc logique que le nombre de cas détectés augmente. La variable qui peut tout changer est le taux de positivité. Dans ce cas précis, il est passé de 1,6 à 1,7 en un mois, il reste stable”.

Pour Catherine Hill, les hospitalisations, les admissions en réanimation et les décès sont moins dépendants de la pratique des tests. “Un bon indicateur, quoique un peu tardif par rapport à la contamination, serait le nombre d’hospitalisations chaque jour, en indiquant si ces cas sont dans des foyers connus ou pas, et où ils sont”, avance-t-elle.

“Difficile d’avoir une vue d’ensemble de la circulation et de la propagation du virus”

Comment donc mieux surveiller l’évolution de l’épidémie ? Catherine Hill plaide pour des tests virologiques massifs, des tests PCR, “en cherchant le virus au fond du nez”, pour “trouver les porteurs du virus”, à l’image de ce qui s’est fait à Pékin, en Chine. “Ils ont testé 2,3 millions de personnes entre le 11 et le 20 juin et dans les 8 ou 10 derniers jours, il y a zéro cas à Pékin”, assure l’épidémiologiste, tandis qu’“en France, il y a des cas tous les jours, beaucoup. Et encore, on ne les connaît pas tous”.

D’après elle, si on pouvait identifier tous les porteurs du virus qui risquent de contaminer les personnes qu’ils côtoient “d’un coup de baguette magique”, ils seraient isolés “immédiatement” et “l’épidémie serait totalement contrôlée en isolant aussi ceux qu’ils ont croisés dans les cinq jours précédents”.

“Il est très difficile d’avoir une vue d’ensemble de la circulation et de la propagation du virus, concède toutefois Martin Blachier, on ne sait pas si les bonnes personnes se font tester. On observe par exemple que l’infection circule chez les jeunes, mais qu’ils ne se testent pas. Si ce sont les gens qui ne sortent jamais de chez eux qui se font tester, on ne pourra pas avoir une idée très précise.”